À l’horizon septembre 2026, toutes les entreprises assujetties à la TVA seront tenues de recevoir (et pour certaines d’émettre) des factures électroniques selon un nouveau cadre réglementaire strict. Pour les laboratoires pharmaceutiques et les acteurs de la santé, cette réforme n’est pas une simple évolution technique : elle redéfinit en profondeur les processus de gestion, de conformité et de relation fournisseur.
Or, à l’heure actuelle, de nombreux laboratoires n’ont pas encore entamé leur transformation numérique ou arrêté leur choix de PDP (Plateforme de Dématérialisation Partenaire). Ce retard peut s’avérer coûteux, tant en termes de mise en conformité que de compétitivité.
Dans cet article, nous décryptons les enjeux concrets de la réforme, les étapes à anticiper dès aujourd’hui, et les cas d’usage spécifiques aux laboratoires de santé.
Pourquoi cette réforme de la facturation électronique est incontournable
L’administration fiscale française vise, à travers cette réforme, plusieurs objectifs stratégiques :
- Renforcer la lutte contre la fraude à la TVA
- Améliorer le pilotage économique en temps réel
- Automatiser les échanges entre entreprises
D’ici septembre 2026, toutes les entreprises devront être capables de recevoir des factures électroniques via une PDP agréée. Les grandes entreprises et ETI devront aussi émettre leurs factures électroniquement à cette date, suivies des PME et TPE en septembre 2027.
Le portail public de facturation initialement prévu a été abandonné. Désormais, c’est l’administration fiscale elle-même qui devient concentrateur des données fiscales transmises par les PDP. Ce changement impose aux laboratoires de formaliser leur choix de PDP via un opt-in réglementé, avec des formulaires disponibles sur le site du Forum National de la Facturation Électronique.
Le rôle central des PDP : comment choisir le bon partenaire ?
Les Plateformes de Dématérialisation Partenaires (PDP) sont les seuls acteurs habilités à transmettre les flux de facturation à l’administration fiscale. Elles ont un rôle pivot dans :
- L’émission et la réception des factures électroniques
- La transmission des mentions obligatoires
- L’interconnexion avec d’autres PDP
- La remontée des statuts de paiement
Le choix peut sembler complexe, voici quelques critères clés à considérer, notamment pour les laboratoires :
- Interopérabilité via le réseau Peppol : un PDP opérant un point d’accès Peppol garantit des échanges fluides avec tous les acteurs du réseau.
- Maîtrise des formats (ODI, Factur-X, XML, etc.)
- Capacité à gérer des cas d’usage spécifiques (mandats, tiers facturant)
- Accompagnement sectoriel santé et dispositifs médicaux
- Sécurité, traçabilité, conformité RGPD et norme EN16931
Attention : dès septembre 2026, le choix d’un PDP en réception devra être formalisé et signé pour figurer dans l’annuaire central. Sans cela, aucune facture ne pourra être reçue.
Laboratoires : des cas d’usage complexes à anticiper
La réforme introduit des cas d’usage normés pour encadrer toutes les situations métiers. Pour les laboratoires, plusieurs configurations doivent être analysées dès maintenant :
Le cas du tiers facturant
Dans le secteur pharmaceutique, il est courant qu’un dépositaire ou un logisticien facture pour le compte du laboratoire. Dans ce cas :
- Un mandat de facturation doit être formalisé
- Deux configurations sont possibles :
- Le laboratoire fournit les données de facturation
- Le tiers génère lui-même les données de facturation (ex. via une place de marché)
Il est impératif de distinguer clairement les séries de factures et de veiller à la traçabilité des flux.
Les opérations internationales et le e-reporting
Les laboratoires travaillant à l’international doivent intégrer le volet e-reporting :
- Obligatoire pour les ventes B2B hors France ou B2C
- Transmission des données de transaction et de paiement via la PDP
- Pas de facture, mais obligation de reporting structuré
Calendrier de la réforme : les grandes étapes
Voici les dates clés à retenir pour anticiper efficacement :
| Date | Étape |
| Fin 2024 | Immatriculation définitive des PDP |
| 27 juin 2025 | Ouverture du portail de test |
| Février 2026 | Démarrage volontaire possible pour les entreprises prêtes |
| Septembre 2026 | Obligation en réception pour toutes les entreprises, émission pour GE/ETI |
| Septembre 2027 | Obligation d’émission pour PME/TPE |
Chaque entreprise doit dès aujourd’hui construire une feuille de route claire, sous peine de se retrouver hors délai.
Bonnes pratiques pour réussir sa transition
Pour vous préparer efficacement, voici une checklist à activer dès aujourd’hui :
- Auditez vos flux actuels (internes, fournisseurs, prestataires)
- Identifiez vos tiers facturants et contractualisez les mandats
- Choisissez une PDP maîtrisant les cas d’usage du secteur santé
- Testez vos flux via les environnements de préproduction
- Sensibilisez vos équipes finance, IT et achats
Enjeux spécifiques au secteur santé
Les laboratoires font face à des problématiques propres :
- Complexité des chaînes de facturation (dépositaires, ERP, flux logistiques)
- Respect des mentions fiscales spécifiques aux dispositifs médicaux
- Exigences de sécurité et confidentialité accrues (données de santé)
- Interopérabilité avec les systèmes hospitaliers et officinaux
Un accompagnement spécialisé est indispensable pour garantir conformité, fluidité et sécurité.
2026, c’est maintenant
La réforme de la facturation électronique ne doit pas être perçue comme une contrainte, mais comme une opportunité de moderniser vos processus et de renforcer la maîtrise de vos flux financiers.
Pour les laboratoires, la clé est d’anticiper, de s’entourer des bons partenaires PDP, et de s’assurer que chaque cas d’usage métier est couvert.
Vous souhaitez être accompagné dans votre mise en conformité ? Contactez-nous dès aujourd’hui.
